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La Red de Investigación Cardiovascular HERACLES colabora regularmente con centros de investigación españoles y redes afines. Varios proyectos colaborativos están en marcha con CNIC (por ejemplo el estudio IM Joven), Red RECAVA (EURHOBOP con ICICOR de RECAVA, REGICOR-AIR con ICICOR DE RECAVA), y con varios centros de investigación españoles (estudio DARIOS, y Estudio FRESCO por ejemplo).
Varias colaboraciones internacionales con participación de varios grupos de la Red de Investigación Cardiovascular HERACLES ilustran la vocación internacional de la actividad de la Red. Algunos ejemplos constituidos por proyectos financiados por el NIH de USA como el consorcio MIGen o los proyectos europeos EUPHORIC y EURHOBOP – éste último liderado por investigadores de la Red – muestran esta actividad sostenida en el tiempo y en auge en los últimos años.